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Biofísica: resolver problemas biológicos empleando la simulación computacional

Un equipo interdisciplinario liderado por el Dr. Rodolfo Porasso, docente investigador del Departamento de Física y del IMASL (UNSL-Conicet) estudia el comportamiento de membranas celulares frente a diversas situaciones problemáticas. Analizan mediante la simulación computacional, cómo reacciona esa capa superficial de las células frente al ingreso de fármacos, contaminantes, sustancias nocivas, o incluso, diferentes tipos de virus.

Del universo biológico, a este grupo de investigación le interesan las células y particularmente la membrana que separa el interior del exterior de la misma. Esta capa presenta particularidades de enorme complejidad, tanto en su composición como en su comportamiento frente a distintos compuestos o condiciones. “La membrana celular es algo extremadamente complejo, tiene muchos compuestos químicos, lípidos, colesterol, proteínas etc. Lo que hacemos es identificar, por ejemplo los lípidos, que a su vez tienen una característica peculiar ya que a una parte le gusta estar en contacto con el agua y la otra parte no. Desde la simulación creamos una especie de baldosa que representa esa membrana, le asignamos las características específicas como la carga, el tamaño, constantes eléctricas y así simulamos los distintos sistemas”, explica Porasso.

En la simulación computacional trabajan con distintos tipos de moléculas que penetran la membrana celular y allí pueden observar y analizar cómo se lleva a cabo ese procedimiento, e identificar cuáles son sus particularidades. “Tratamos de ver desde el punto de vista físico, cuál es el mecanismo en que los distintos fármacos pueden atravesarla. Empezamos con moléculas simples como la benzocaína que tiene 12 átomos, luego lo hicimos con el ibuprofeno, otra molécula también de unos pocos átomos”, señala. Actualmente estudian cómo funcionan los antibióticos que son moléculas mucho más grandes que con las que iniciaron la investigación. Porasso subraya que no tratan de explicar el mecanismo por el cuál estos antibióticos curan, sino el mecanismo por el cual ingresan a la célula.


Imagen de simulación: vesícula tratada con dos tipos de antibióticos (pintados de color azul). En la imagen de la izquierda el antibiótico no tiene efecto y la vesícula conserva su forma. En la imagen de la derecha, el antibiótico tiene actividad y se aprecia cómo la vesícula se deforma.

El equipo está integrado por físicos, biólogos moleculares, químicos, bioquímicos y farmacéuticos quienes aportan una visión diferenciada de los problemas que trabajan en el Proyecto. “Es un grupo bastante interdisciplinar y es totalmente transversal, todos colaboramos y vemos el mismo problema, pero cada cual, con su enfoque, y ahí es donde más enriquece la resolución del problema, porque a los físicos nos interesan los cambios de energía libre, fuerzas impulsoras, cambio de entropía. Para los bioquímicos es mejor estudiar la concentración y los biólogos moleculares se enfocan en las células. Cada cual tiene su mirada particular, y ahí es donde nos enriquecemos todos”, agrega.

Los conocimientos a los cuales se arriban en este Proyecto permiten dotar de información relevante a la industria farmacológica, a laboratorios y otros equipos de investigación con los que trabajan colaborativamente. “Nosotros hacemos ciencia básica, pero estas simulaciones aportan datos que posibilitarían hacer fármacos que sean más eficientes, optimizando la dosis al mejorar el mecanismo de inserción en la célula”.

Porasso explica que vienen trabajando con equipos del Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas, IMIBIO UNSL-Conicet, con el Instituto Pasteur de Uruguay, las Universidades de Murcia y Valencia de España y grupos de investigación de Hungría. Estos nexos resultan muy significativos para el proyecto toda vez que les aporta la parte de la experimentación, la posibilidad de verificar en un experimento, los procesos simulados digitalmente. “La fuente de nuestros datos experimentales está en general, en Europa. Ellos hacen los experimentos y por suerte, hay una correspondencia muy grande entre los datos experimentales y nuestras simulaciones. Lo hacemos a doble ciego, para que no haya sesgo”, sostiene.

Como todo proyecto de investigación, éste tiene diversas líneas de trabajo. En una de ellas, un estudiante doctoral pudo desarrollar después de dos años de arduo trabajo, una simulación de un virus porcino. Uno de los mayores desafíos de este equipo es empezar a trabajar con distintos tipos de virus “intentamos desarrollar desde la simulación, algo que logre romper ese virus. Por lo pronto logramos construirlo y ya eso es un montón, construir un virus desde el punto de vista de las simulaciones requiere muchísimo esfuerzo, ahora veremos cómo lo podemos atacar”, anticipa.



Ciencia y vocación

La Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales tiene una fuerte trayectoria científica. Hoy alberga muchos proyectos de investigación que dirigen científicos y científicas que también transitaron sus pasillos como estudiantes, y en esa etapa formativa, tuvieron referentes que contagiaron su pasión por la investigación. “Nuestra carrera es una carrera chica.  Cuando yo era estudiante los profesores que tenía nos conocían a todos, no hacía falta ni poner el nombre a la hoja, que ya sabía de quién era la letra. Eso formó un vínculo muy estrecho entre los docentes y los estudiantes (…) Dentro del departamento de física que científicamente es muy fuerte, hubo docentes como Giorgio Zgrablich, que es casi un prócer en la investigación en Argentina. Uno lo veía a él, cómo trabajaba, la pasión que tenía por la investigación y te contagiaba ese entusiasmo. Quien me formó a mí fue Julio Benegas, que dirigía el otro grupo grande de investigación y trabajar con ellos, haber sido estudiante de ellos, contagia. Ahora que estamos de este lado, uno trata de hacer lo mismo con los estudiantes actuales”.

Nota: Unidad de Cultura Científica más Innovación (UCC+i) | FCFMyN

Detección anticipada de riesgos en redes sociales: equipo de la FCFMyN quedó entre los 5 mejores laboratorios del mundo

Un equipo de la Universidad Nacional de San Luis, conformado por el Lic. Horacio Thompson, becario doctoral de CONICET, y el Dr. Marcelo Errecalde, ambos docentes de la Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales, ha participado del MentalRiskES, un desafío a nivel internacional que propone resolver problemas relacionados con la detección anticipada de riesgos en redes sociales en idioma español. 

El objetivo fue detectar, lo antes posible, usuarios que mostraran signos vinculados a diversos desórdenes mentales. Las tareas a resolver fueron: detección de desórdenes alimenticios, signos de depresión y un tercer trastorno desconocido para evaluar los enfoques sobre trastornos no conocidos a priori. El equipo de la FCFMyN participó en las dos primeras tareas. 

Existe un interés creciente en detectar e identificar usuarios de riesgo en Internet. No obstante, muchas de las campañas realizadas se han enfocado principalmente en el idioma inglés, dejando de lado español. Los organizadores propusieron estas tareas a partir de mensajes de usuarios extraídos de grupos públicos de la plataforma Telegram.

“Como sabemos, en las redes sociales se comparte todo tipo de información. Son muchos los casos de usuarios que sufren diferentes problemas vinculados a la salud, como así hay otras situaciones preocupantes como cyberbulling, pedofilia, discriminación, fake news, entre otros. Es así como surgen estos desafíos que son muy importantes a nivel mundial y que nos ponen a prueba como comunidad científica. Más allá de fomentar la investigación desde el punto de vista tecnológico, se intenta explorar soluciones que puedan ayudar a aminorar estos problemas. Por ejemplo, identificar patrones de comportamiento en usuarios que muestran signos de depresión puede ser de utilidad para desarrollar un sistema de alarma y apoyo, pero también puede significar un recurso valioso para otras disciplinas como psicología, sociología, entre otros”, explica Thompson.

En esta primera edición del MentalRiskEs se propuso resolver estos problemas en línea, es decir, los participantes tuvieron que detectar un riesgo potencial lo antes posible en un flujo continuo de datos. Por lo tanto, el rendimiento no sólo dependió de la precisión de los sistemas empleados sino también de la rapidez con la que se detectó el problema. 

“Dada la experiencia de nuestro grupo de investigación en tareas similares realizadas con el idioma inglés, se decidió participar en esta primera edición con el idioma español obteniendo la segunda ubicación en ambas tareas para la evaluación temporal de los sistemas y compartiendo el primer lugar en la mayoría de las métricas basadas en clasificación para la detección de depresión, demostrando la efectividad y consistencia de nuestros enfoques para resolver estos problemas”, explica Errecalde.

De esta manera, el equipo de la FCFMyN obtuvo resultados destacados de entre 25 y 33 propuestas de laboratorios de investigación de distintas partes del mundo y se seleccionaron los mejores 5 trabajos para ser presentados en el IberLEF 2023. IberLEF es una campaña de evaluación compartida de los sistemas de Procesamiento del Lenguaje Natural en español y otras lenguas ibéricas que se organiza desde el año 2019 y se celebra en el marco de la Conferencia anual de la Sociedad Española de Procesamiento del Lenguaje Natural (SEPLN). 

“En vista de los destacados resultados obtenidos en estas tareas y de haber sido seleccionados para presentar nuestra propuesta en el marco del IberLEF, se participará de la edición 2023 de esta conferencia en España. Esto permitirá, además, la posibilidad de asistir a la conferencia anual de la SEPLN que se realiza en simultáneo con IberLEF, un ámbito de discusión de los principales desarrollos en Procesamiento del Lenguaje Natural para el español. Este hecho resulta de gran importancia, no sólo para el desarrollo del grupo de investigación de la UNSL, sino también por la importancia que tienen estos sistemas por su aplicabilidad en el contexto local y nacional, el cual se ha visto conmovido recientemente por desarrollos disruptivos que la Inteligencia Artificial está produciendo en las más diversas áreas, a partir de sistemas como ChatGPT, Bard, Midjourney y otros modelos generativos de contenido”, sostiene Errecalde.  

Por último, Thompson agregó: “Para nosotros es importante participar en este tipo de competencias. Es un área que avanza muy rápido y, en ese sentido, intentamos aplicar y adaptar nuestras hipótesis de investigación a las tecnologías emergentes. La idea es continuar realizando contribuciones en esta área ya que los resultados obtenidos nos muestran que vamos por buen camino y ojalá que puedan significar un aporte para la sociedad”.

Nota: Unidad de Cultura Científica más Innovación (UCC+i) | FCFMyN

Foto: Prensa Institucional

CONTACTO: más fondos para reactivar el museo de la Facultad

La Unidad de Cultura Científica más Innovación (UCC+i) dependiente de la Secretaría de Innovación y Desarrollo de la FCFMyN, ganó la convocatoria de Proyectos de Extensión “Universidad, Cultura y Territorio”, con una propuesta que apunta a revalorizar el Museo Interactivo de Ciencias, CONTACTO. 

El proyecto posibilitará continuar con el plan de mejora y puesta en valor del Museo que fue emblema de la Facultad y que está en proceso de reactivación. El subsidio que se consiguió alcanza los $750.000 que se destinarán a la generación de materiales y herramientas tecnológicas que permitirán la preservación digital del patrimonio cultural y natural que forma parte del acervo científico de CONTACTO.

“El proyecto contempla el fortalecimiento de una línea de acción ya iniciada en la convocatoria anterior, a través de la ampliación del desarrollo de experiencias interactivas que posibiliten la llegada a un público más amplio y a la vez el involucramiento de más áreas y equipos de la FCFMyN mediante una serie de actividades extensionistas a desarrollar en el Museo”, explicó el Mg. Vicente Fusco, secretario de Innovación y Desarrollo. 

Asimismo, explicó que con estos fondos obtenidos se prevé desarrollar materiales digitales e interactivos que abarquen otras ciencias y disciplinas como la geología, la física, la paleontología, las que estarán dispuestas en el Museo para visitantes presenciales, así como garantizar el acceso remoto en la web institucional y la promoción en las redes de la FCFMyN.

La Facultad viene trabajando en la recuperación de Contacto y sus muestras, para poder volver a abrirlo a la comunidad local y a visitantes externos. “CONTACTO siempre fue un espacio que nos permitió un vínculo lúdico y didáctico con estudiantes de toda la provincia, queremos que vuelva a ser la puerta de entrada al despertar de nuevas y más vocaciones científicas”, concluyó. 

Relevamiento interno: La comunicación de la ciencia en la FCFMyN

La Unidad de Cultura Científica más Innovación (UCC+i) -dependiente de la Secretaría de Innovación y Desarrollo de la FCFMyN- realizó una encuesta dirigida a sus docentes investigadores/as, tanto a quienes se desempeñan en los seis departamentos como en los Institutos de Matemática y Física Aplicada (UNSL-CONICET). A partir de este relevamiento se busca conocer qué percepciones, acciones y prácticas de comunicación de la ciencia lleva a cabo la comunidad científica que se desempeña en el ámbito de la Facultad.

UCC+i es un espacio recientemente creado que se especializa en la comunicación y divulgación de la ciencia. Dicha dependencia realizó este relevamiento con el propósito de obtener información sobre los procesos de circulación social del conocimiento y las prácticas comunicativas de la comunidad científica. 

La Dra. en comunicación, Silvina Chaves, responsable de la Unidad de Cultura Científica más Innovación (UCC+i) nos explica “las inquietudes para pensar en el desarrollo de esta encuesta fueron múltiples. En principio, la necesidad de contar con datos que nos posibiliten pensar propuestas, acciones, e iniciativas que tiendan a favorecer los espacios de participación en comunicación pública de la ciencia” y agrega “esta encuesta es una herramienta que nos arroja mucha información que aún estamos procesando, pero que ya nos posibilita ver que hay una alta demanda de capacitación y también una necesidad de reconocimiento del tiempo, de la dedicación que nuestros docentes investigadores e investigadoras dedican a transferir y a comunicar el conocimiento experto”.

En los resultados se pudo observar que aproximadamente el 20% de los encuestados solo hace ciencia y no tienen actividad docente. El 80% restante se divide entre docentes investigadores/as que tienen cargos adjuntos o son auxiliares (JTP y Aux. de 1ª).

Al consultar sobre actividades específicas en comunicación de la ciencia, se destaca que el 70% ha participado de al menos una (1) actividad comunicacional entre el 2019 y el 2023. De ellos, el 35% comunica a través de posteos en sus propias redes sociales y un porcentaje similar es habitué de dar notas y/o entrevistas en medios locales (radio, tv y webs).

Al consultar sobre la frecuencia o tiempo que se dedica a comunicar las investigaciones, se observa que, la gran mayoría, es decir el 65% de los encuestados desearía dedicarle más tiempo a la comunicación de la ciencia.

Gráfico de respuestas de formularios. Título de la pregunta: 10. En relación con la frecuencia con que realizó alguna/s de las actividades anteriores, considera que…

Marque solo una opción.. Número de respuestas: 80 respuestas.

Al indagar sobre el grado de dificultad que significa para los encuestados comunicar las ciencias, se observa que el una amplia mayoría, es decir el 76.3%, considera que es difícil y muy difícil divulgar e informar a públicos no especializados sobre las investigaciones realizadas, y en este sentido, más del 50% se siente poco o nada capacitado para comunicar. Además, al indagar sobre la formación específica en Comunicación Pública de la Ciencia las respuestas arrojaron que el 47.5% no ha recibido ningún tipo de formación y el 40 % se siente autodidacta en la materia.

Gráfico de respuestas de formularios. Título de la pregunta: 13. ¿Qué grado de dificultad considera que tiene comunicar las ciencias a públicos no especializados?. Número de respuestas: 80 respuestas.

En palabras de Silvina Chaves “los datos que acabamos de mencionar sintéticamente nos posibilitan claramente darnos cuenta de que hay una demanda de capacitación, pero también hay una necesidad de que la institución ofrezca espacios para que esos productos, acciones o actividades que se desarrollan desde los departamentos, desde los laboratorios y los institutos, tengan una mayor repercusión social”. Además cuando consultamos sobre el horizonte a futuro para seguir trabajando nos comentó que “los resultados obtenidos en la encuesta aportan una línea muy concreta de trabajo relacionada a generar acciones diversas; por un lado, fortalecer la comunicación institucional, ofrecer espacios de formación, gestionar  líneas de apoyo y de acompañamiento para el fortalecimiento de propuestas que ya se realizan y que requieren ser reconocidas por la institución para cumplir con el objetivo final que es favorecer al fortalecimiento de la cultura científica de nuestra comunidad”.

*Esta encuesta fue diseñada tomando como punto de partida 2 relevamientos previos realizados en Argentina por los investigadores Pablo Kreimer y Luciano Levin y una adaptación posterior realizada por el equipo de la UNER dirigido por Carina Cortassa.

Dos proyectos de la FCFMyN serán financiados por la Fundación Sadosky

La convocatoria Soluciones Innovadoras para Desafíos de Software, realizada por la Fundación Sadosky y el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, seleccionó dos propuestas de la Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales que promueven la articulación científico-tecnológica para la resolución de demandas y necesidades del sector productivo.

El financiamiento alcanza los 18 millones de pesos para ambos proyectos ganadores, los que recibirán asesoramiento y acompañamiento durante 12 meses para el desarrollo de las acciones programadas.

Sistema para el diagnóstico y control del temblor esencial: el proyecto, liderado por el Dr. Ingeniero Julio Dondo del Laboratorio de Electrónica, Investigación y Servicios (LEIS) busca generar un prototipo consistente en una manga o guante con sensores que se coloca en el brazo del paciente que padece temblor esencial o Parkinson. Los sensores toman datos de la frecuencia de los movimientos involuntarios de los músculos, los clasifica y analiza, permitiendo predecir la frecuencia en la que ocurrirá el próximo impulso. Este prototipo podría contrarrestar los temblores a través de una estimulación eléctrica a los músculos antagónicos, permitiendo a la persona mejorar su motricidad fina y su calidad de vida.

El proyecto viene trabajándose en el LEIS desde hace varios años, por lo cual existe un vasto conocimiento sobre los procesos científico y tecnológicos involucrados en la propuesta. “Con el apoyo de  la Fundación Sadosky esperamos poder concretar un sistema que sea portátil, de bajo costo, no invasivo que permita contribuir al diagnóstico, al seguimiento del tratamiento y supresión del temblor esencial”, explica Dondo.

Al no existir tratamientos curativos de estas patologías en la actualidad, este avance tecnológico genera expectativas en las personas afectadas, por lo que el equipo de trabajo incluye no solo a investigadores, ingenieros y tecnólogos sino también a especialistas de la psicología y la neurología que generarán un sistema de acompañamiento y asistencia a los pacientes que aportarán las muestras para el desarrollo del prototipo. Este proyecto fue presentado junto a la Empresa ProMatix SRL de la Provincia de San Juan dedicada a servicios profesionales, científicos y técnicos que realizará un aporte similar al del financiamiento que aporta la Fundación.

Software para la obtención automática de datos de medición del índice de precios al consumidor: la propuesta, liderada por el Dr. Marcelo Errecalde del Laboratorio de Investigación y Desarrollo en Inteligencia Computacional (LIDIC), busca generar herramientas de software que permitan obtener automáticamente más y mejores datos tomando valores de precios publicados en internet. Esta iniciativa, surge a demanda de la Dirección Provincial de Estadística de la Provincia de Buenos Aires, quien pondrá como contraparte al equipo de programadores.

“Esta herramienta relevará datos de precios en la web en tiempo real, posibilitando además, identificar atributos de los productos como la marca y el gramaje, patrones de comportamiento de la movilidad de los precios, analizar tendencias y realizar estudios comparativos de forma automatizada”, explica Errecalde. Actualmente, “la metodología de relevamiento de datos se realiza de manera presencial y remota, pero carecen de instrumentos como el que se propone implementar”, agrega.

Dr. Marcelo Errecalde, responsable del proyecto. Dra. Leticia Cagnina, integrante.
Laboratorio de Investigación y Desarrollo en Inteligencia Computacional.